IMetaOmics. 2025 Jul 29;2(4):e70044. doi: 10.1002/imo2.70044. eCollection 2025 Dec.

RESUMO

A análise de dados metatranscriptômicos é uma tarefa complexa devido ao seu volume massivo e à necessidade de ferramentas bioinformáticas sofisticadas. Para abordar isso, desenvolvemos o RTTAP (Read-based Total-infectome Taxonomic Analysis Pipeline), um pipeline automatizado para análise de dados metatranscriptômicos que elimina a necessidade de os usuários selecionarem manualmente bancos de dados, ferramentas ou parâmetros. O RTTAP fornece uma solução abrangente para a análise do total-infectoma, permitindo a detecção simultânea de vírus, bactérias e fungos. Além disso, o RTTAP oferece um perfil funcional detalhado de genes de resistência a antibióticos (ARGs) e análises de alta resolução de cepas virais, proporcionando aos pesquisadores uma ferramenta poderosa para estudos metatranscriptômicos avançados. O desempenho dos pipelines foi validado utilizando conjuntos de dados metatranscriptômicos clínicos simulados e reais, demonstrando alta precisão na classificação taxonômica e na estimativa da abundância relativa.

PMID:41676441 | PMC:PMC12806115 | DOI:10.1002/imo2.70044