IMetaOmics. 2025 Jul 8;2(4):e70041. doi: 10.1002/imo2.70041. eCollection 2025 Dec.

RESUMO

Recuperar genomas circulares de alta contiguidade de bactérias em microbiomas complexos (por exemplo, intestino) é desafiado pelas limitações da sequenciação de curto e longo alcance propensa a erros. Este estudo compara abrangente os genomas montados metagenomicamente (MAGs) baseados em sequenciamento PacBio High-Fidelity (HiFi) com os MAGs Illumina, MAGs da Oxford Nanopore Technologies (ONT) e genomas de sequenciamento completo de isolados da mesma amostra. O sequenciamento HiFi produziu 31 MAGs de alta qualidade, incluindo 10 genomas circulares completos. Os MAGs HiFi demonstraram completude, continuidade e contaminação significativamente mais baixas do que os MAGs Illumina ou ONT (p-adj < 0,05). Crucialmente, os MAGs HiFi exibiram maior proximidade genômica com os isolados correspondentes em níveis de polimorfismos de nucleotídeo único e presença/ausência de genes. Esta avaliação estabelece o HiFi como uma abordagem robusta para gerar MAGs que rivalizam com a qualidade de genomas isolados, fornecendo informações críticas para estudos genômicos precisos de microrganismos.

PMID: 41676447 | PMC: PMC12806023 | DOI: 10.1002/imo2.70041