Sequenciamento longo revela variantes criptogênicas no câncer
Introdução: O diagnóstico genético molecular é essencial para a prevenção e tratamento de síndromes de polipose hereditária e câncer colorretal. Embora 19 genes relacionados a essas condições já sejam conhecidos, muitos pacientes com quadros graves ainda não recebem um diagnóstico preciso. Um dos fatores que contribuem para essa lacuna são variantes intrônicas ocultas que afetam o splicing dos genes, além de mecanismos hereditários recessivos parcialmente caracterizados.
Métodos
A equipe utilizou o sequenciamento de DNA de leitura longa com amostragem adaptativa, focado nos 19 genes responsáveis pelo câncer colorretal, combinado com sequenciamento de RNA de leitura longa de todo o transcriptoma. O estudo analisou quatro pacientes com histórico de deficiência em proteínas de reparo de DNA ou polipose familiar que não tiveram resultados conclusivos em testes genéticos anteriores.
Resultados
Todos os quatro pacientes obtiveram diagnósticos genéticos precisos. Cada um apresentou uma variante intrônica germinativa diferente que comprometeu o funcionamento de genes associados ao câncer colorretal:
- Paciente 1: Variante heterozigótica causada por inserção de um elemento Alu no gene MSH2, levando à extensão da transcrição intrônica e interrupção da proteína.
- Paciente 2: Variante intrônica profunda no gene APC por inserção de um elemento LINE, gerando um pseudoexon com códon de parada.
- Paciente 3: Condição composta heterozigótica no gene MLH3, incluindo substituição intrônica que levou à exclusão de éxon e término prematuro do códon.
- Paciente 4: Também com condição heterozigótica composta no gene MUTYH, com uma deleção intrônica profunda resultando em perda transcricional de éxon responsável por domínios essenciais da proteína.
Conclusão
O uso combinado de sequenciamento de DNA e RNA de leitura longa mostrou-se eficaz para aumentar a taxa de diagnósticos genéticos em pacientes com predisposição ao câncer colorretal. A abordagem revelou variantes criptogênicas intrônicas que comprometem o splicing gênico e a função proteica, oferecendo uma nova via para esclarecer casos anteriormente sem diagnóstico.
Respostas